Η επίσημη θέση του Γεννάδιου για την άλωση της, "Νέας Ρώμης, Νέας Σιών, Νέα Ιεροσόλυμα"

 Η Ιερά Εξέταση κι ο ανθελληνισμός των αγίων αυτοκρατόρων του Βυζαντίου

Η επίσημη θέση του Γεννάδιου για την άλωση μέσα από τα κείμενά του σύμφωνα και με τον καθηγητή Ιστορίας Π. Κονόρτα είναι η εξής:

«η άλωση είναι θέλημα θεού και ο Θεός έχει δώσει δύναμη στους Οθωμανούς και ενέπνευσε τον Μωάμεθ Β΄ να επανιδρύσει το Πατριαρχείο, τα πάντα προέρχονται από τον Θεό και μέσω του φιλεύσπλαχνου σουλτάνου δημιούργησε το Πατριαρχείο εκ του μηδενός κι έτσι σώθηκε η ορθόδοξη πίστη»[22]!!!

Έτσι τώρα υπό την προστασία του σουλτάνου η ορθόδοξη εκκλησία θα μπορεί απερίσπαστη από τον κίνδυνο της ένωσης και του ελληνίζοντος ρεύματος να κατευθύνει το ποίμνιο στην ορθή πίστη και την… σωτηρία του γένους!!!

Αυτή η θέση θα συνεχιστεί μέχρι και το τέλος της τουρκοκρατίας. Το 1802 ο Αθανάσιος Πάριος στην «Αντιφώνηση»[23] αφού κατηγορεί του Έλληνες και ιδιαίτερα τον Σωκράτη για ανηθικότητα, στην συνέχεια αποτρέπει τους νέους να διαβάζουν περί των επαναστατικών ιδεών του Διαφωτισμού γιατί όπως ο ίδιος λέει

«η Οθωμανική κυριαρχία στάλθηκε από την θείαν Πρόνοια για να παιδεύσει το γένος» ενώ λίγα χρόνια πριν την Επανάσταση ο Γρηγόριος Ε΄ θα στείλει εγκύκλιο[24] για να ενισχύσει όπως υποστηρίζει

«όλους τους ευσεβείς ορθόδοξους χριστιανούς εις το πιστόν ραγιαλίκι» διότι όπως εξηγεί

«πας ο αντιτασσόμενος τη εξουσία τη του Θεού διαταγή αντέστηκεν»

στο ίδιο πνεύμα το 1798 δημοσιεύτηκε πολυσέλιδη οδηγία από τον Πατριάρχη Ιεροσολύμων, τον Άνθιμο, με τον τίτλο «Πατερική διδασκαλία» που θα προκαλέσει την οργή του Κοραή.[25]

Ο Γεννάδιος απόλυτα συνεπής στην ορθόδοξη χριστιανική πίστη θα συνεχίσει επαξίως το έργο των προκατόχων του και πνευματικών του πατέρων και θα γίνει και αυτός μέγας πολέμιος του ελληνικού πολιτισμού.